Da jedes Fahrzeug anders geformt ist und die Lastenträger u.a. unterschiedliche Formen und am Dach Positionen haben können, ist nicht gewährleistet, daß die Dachbox immer den gleichen Kräften bzw. Luftverwirbelungen ausgesetzt ist.
Tatsache scheint zu sein, daß der Ursprung des "Klapperns" im Zusammenhang mit der Box zu stehen scheint. Da würde ich mal 2 Dinge prüfen:
1. Mach die Gummiunterlagen weg. Weiß gar nicht, wofür die gut sind. Hab seit jahrzehnten Dachboxen der unterschiedlichsten Hersteller und größen, aber Gummiunterlagen waren nie ein Thema.
2. Sicher den Kofferdeckel mit 2 Bändern (vorne und hinten um die ganze Box rum), um sicherzustellen, daß der Deckel definitiv zu ist. Hier vermute ich die Ursache. Es reichen wenige mm Spiel, schon fängt das ganze an zu klappen.